【2025年最新】長期優良住宅の補助金・減税のメリットを徹底解説！｜お役立ち情報｜注文住宅・家を建てる・新築一戸建てのハウスメーカーなら一建設株式会社

新築注文住宅を建てる時に「長期優良住宅」にするか悩む方も多いでしょう。長期優良住宅に認定されるとどのようなメリットがあるのでしょうか。

そこでこの記事では、長期優良住宅の認定基準や、受けられる補助金、減税制度などをまとめました。各制度の適用条件や申請期限を詳しく記載しているので、ぜひ参考にしてください。

なお、記事の内容は2025年7月現在の情報に基づいています。制度や法律については、今後改正または廃止されることがありますので、最新の情報をご確認ください。

1. 長期優良住宅とは

長期優良住宅とは、将来にわたって快適な暮らしを実現するために、高い耐久性と安全性を備えた住宅のことです。

具体的には、構造体の耐久性や耐震性、維持管理・更新の容易性などの要件を満たし、国の定める基準に適合しているかを所管行政庁が判断し、認定した住宅を指します。

認定されると、税制優遇などの支援措置を受けられ、住宅の資産価値の維持向上にもつながります。

2. 新築戸建て：長期優良住宅の認定基準は10項目

長期優良住宅の認定基準は主に10項目あります。新築の一戸建て住宅・共同住宅における長期優良認定の基準は以下のとおりです。

評価基準	満たす要件	一戸建て 住宅	共同住宅
劣化対策	劣化対策等級3(構造躯体等) 木造・鉄骨造・鉄筋コンクリート造など各構造の種類に応じた基準	○	○
耐震性	次のいずれかに該当 ・耐震等級(倒壊防止)3級 ・耐震等級(倒壊防止)2級(構造計算は2025年4月1日以降の壁量基準) ・耐震等級(倒壊防止)1級、かつ各構造の種類に応じた基準 ・品確法に定める免震建築物	○	○
省エネルギー性	断熱等性能等級5かつ一次エネルギー消費等級6	○	○
維持管理・更新の 容易性	維持管理対策等級3(専用配管)	○	○
	維持管理対策等級3(共用配管) 更新対策(共用排水管)等級3		○
可変性	躯体天井高さ2,650mm以上		○ (共同住宅および長屋に適用)
バリアフリー性	高齢者等配慮対策等級3(共用部分) ※一部の基準を除く		○
居住環境	地区計画、景観計画、条例によるまちなみ等の計画、建築協定、景観協 定等の区域内にある場合には、これらの内容と調和を図る ※申請先の所管行政庁に確認が必要	○	○
住戸面積	・少なくとも1の階の床面積が40㎡以上(階段部分を除く) ・地域の実情を勘案して所管行政庁が別に定める場合は、その面積要件を満たす必要がある	75㎡以上	40㎡以上
維持保全計画	所定の部分・設備に定期的な点検・補修等に関する計画を策定	○	○
災害配慮	災害発生のリスクのある地域においては、そのリスクの高さに応じて、 所管行政庁が定めた措置を講じる。 ※申請先の所管行政庁に確認が必要	○	○

参考：国土交通省「長期優良住宅の普及の促進に関する法律」の長期優良住宅認定制度の概要について

住宅の長期使用を実現するためには、物理的な耐用性と社会的な耐用性の両面が必要です。

物理的な耐用性としては、構造躯体の耐久性を高める劣化対策、設備の維持管理のしやすさ、地震後も継続して使用できる耐震性能が求められます。

一方、社会的な耐用性では、居住者のライフステージの変化に対応できる間取りの可変性や、配管などの設備を容易に更新できる構造が必要です。

一戸建て住宅も共同住宅も、どちらも基本的な項目は共通ですが、構造や広さの違いにより、維持管理のしやすさや住戸面積、可変性など一部の項目では異なる基準が採用されています。

3. 長期優良住宅で受けられる補助金を紹介

2025年6月時点で受けられる補助金としては、「子育てグリーン住宅支援事業」と「長期有料住宅化リフォーム事業」の2つがあります。

3.1. 子育てグリーン住宅支援事業

子育てグリーン住宅支援事業とは、省エネ性の高い住宅の取得を支援する制度です。18歳未満の子がいる子育て世帯や、夫婦のいずれかが39歳以下の若者夫婦世帯が、省エネ性の高い住宅の新築や、省エネ化を目的とした既存住宅の改修工事をおこなう場合、補助金が支給されます。

新築住宅の場合、2024年11月22日以降に着工した、床面積50㎡以上、240㎡以下の物件が対象です。住宅の種類に応じて以下の補助を受けられます。

住宅の種類	補助額	備考
GX志向型住宅	1住戸につき160万円
長期優良住宅	1住戸につき80万円	古家の除却をともなう場合、20万円加算
ZEH水準住宅	1住戸につき40万円

参考：子育てグリーン住宅支援事業事務局「対象要件の詳細【注文住宅の新築】」

上記のとおり、長期優良住宅の場合、一住戸につき80万円(建て替えの場合は＋20万円)の補助が出ます。

申請期限は2025年12月31日までですが、予算が上限に達し次第受付終了となるため、早めの申請がおすすめです。

3.2. 長期優良住宅化リフォーム事業

既存住宅を長期優良住宅の性能基準に適合するようリフォームできる補助金制度です。長期優良住宅化リフォーム事業には評価基準型と認定長期優良型の2つの方式があります。

<戸建て・共同住宅の場合>

事業タイプ	補助限度額	対象経費
評価基準型	1住戸につき80万円	・リフォーム工事に係る補助額 ・インスペクション等に係る補助額
認定長期優良住宅型	1住戸につき160万円

参考：国土交通省「事業概要 | 令和7年度長期優良住宅化リフォーム推進事業」

実施するリフォームの内容や目指す性能レベルに応じて、適した事業タイプを選択しましょう。

>>リフォーム工事の詳細はこちら

なお、評価基準型は以下の要件を満たすことで、上限50万円がプラスされます。

• 三世代同居対応改修工事を実施：50万円
• 若者・子育て世帯が改修工事を実施：50万円
• 既存住宅を購入し改修工事を実施：50万円

長期優良住宅以外にも下記の記事で注文住宅に活用できる補助金や助成金を紹介しているので、併せてご覧ください。

>>2025年最新｜新築・注文住宅の補助金・減税制度・助成金を詳しくご紹介！

4. 長期優良住宅のメリット

• 補助金の給付がある
• 減税制度を活用できる
• 住宅ローン金利が優遇される
• 地震保険料が割引される
• 贈与税の非課税枠が増加する
• 家の資産価値が高められる

長期優良住宅の認定を受けることで、6つのメリットが得られます。

4.1. 補助金の給付がある

認定基準を満たした住宅は、国や地方自治体からさまざまな補助金の対象となります。

長期優良住宅を対象とした補助金を利用すれば、建築費用の負担を抑えながら高品質な住宅を建てられます。

4.2. 減税制度を活用できる

長期優良住宅(新築)を取得した場合、下記の項目が優遇されます。

税の種類		優遇内容
所得税	住宅ローン減税	住宅ローンを利用した場合、年末残高×0.7%が13年間控除
	投資型減税	自己資金で取得した場合、標準的な性能強化費用相当額(45,300円×家屋の床面積)の10％が控除(最大控除額65万円)
登録免許税		税率が本則の0.4％から0.1%に引き下げ
不動産取得税		控除額が1,200万円から1,300万円に増額
固定資産税		一戸建ては5年間、マンションは7年間に減額措置の適用期間が延長

表のとおり、長期優良住宅は一般住宅と比較して手厚い税制優遇措置を受けられるため、住まいをつくる際の負担を軽減できます。

4.3. 住宅ローン金利が優遇される

長期優良住宅で、住宅金融支援機構が提供する住宅ローン「フラット３５」を利用する場合、金利が優遇されます。

長期優良住宅は、一定の省エネルギー性、耐震性などを兼ね備えた住宅を対象とする「フラット35S」が利用可能なためです。

「フラット35S」は、借り入れ当初から5年間、金利の優遇が受けられるプランです。長期優良住宅の場合、金利が年0.5%引き下げられるため、住宅ローンの返済負担を軽減できます。

参考：住宅金融支援機構「【フラット３５】S」

また、条件によっては最長50年の返済期間を設定できる「フラット50」という住宅ローンも利用できます。この商品は金利が固定されているため、長期にわたって計画的な返済が可能で、月々の返済負担を軽減できる特徴があります。

長期優良住宅でフラット35を利用する場合のメリットや、各プランの詳細は以下を参考にしてください。

>>長期優良住宅は長く安心・快適に暮らせる良質な住宅だからメリットがいっぱい！【フラット35】

4.4. 地震保険料が割引される

長期優良住宅(新築)の認定を受けたら、各保険会社の窓口や代理店に連絡しましょう。地震保険に加入している場合、住宅の耐震性に応じて地震保険料の割引を受けられます。

割引率は、耐震等級2級の場合30%、耐震等級3または品確法に基づく免震建築物の場合50%です。

4.5. 贈与税の非課税枠が増加する

住宅取得等資金の贈与を受けた場合、一般住宅の非課税枠は500万円までですが、長期優良住宅として認定された住宅の場合は、非課税枠が1,000万円まで拡大されます。

この優遇措置により、親族からの資金援助を受けやすくなり、より質の高い住宅の取得が可能となります。

参考：国税庁「No.4508 直系尊属から住宅取得等資金の贈与を受けた場合の非課税」

4.6. 家の資産価値が高められる

長期優良住宅は、床下や屋根裏に点検口を設置するなど、充実した劣化対策が施されているため、一般住宅と比べて劣化のリスクが低く抑えられます。

万が一劣化が発生しても早期発見が可能な構造となっており、基礎や躯体の経年劣化の進行が遅いことから、長期にわたって住宅の性能と価値を維持できるのが特徴です。

このため、将来的な売却や相続を考えるうえでも、資産としての価値を長期的に保持できる投資対象となります。

5. 長期優良住宅で受けられる減税制度を5つ紹介

• 投資型減税
• 住宅ローン控除(減税)
• 登録免許税
• 不動産取得税
• 固定資産税

ここからは5つの減税制度を詳しく解説します。

5.1. 投資型減税

住宅ローンを利用せず自己資金で認定長期優良住宅などの省エネ住宅を取得する場合に適用される制度です。標準的な性能強化費用相当額(45,300円×家屋の床面積)の10％が控除され、最大控除額は65万円となります。

投資型減税の適用を受けるための要件と必要書類は以下のとおりです。

対象者
2024年1月1日〜2025年12月31日までに入居した者
適用条件
● 自ら所有して主に居住する住宅であること ● 住宅の引渡しや工事完了から6ヵ月以内に入居を開始すること ● 床面積が50平方メートル以上あること ● 店舗などとの併用住宅の場合、住居部分が全体の半分以上を占めること ● 申請者の年間所得が2,000万円以下であること ● 断熱性能等級5以上かつ一次エネルギー消費量等級6以上を満たしていること
確定申告に必要な書類
● 計算明細書 ● 登記事項証明書 ● 請負契約書又は売買契約書の写し ● 長期優良住宅認定通知書の写し ● 住宅用家屋証明書または認定長期優良住宅建築証明書

参考：国土交通省「認定住宅等新築等特別税額控除（投資型減税）について」

投資型減税は新築住宅の取得だけでなく、一定の条件を満たすリフォーム工事にも適用され、環境性能の高い住宅の普及をあと押ししています。ただし住宅ローンを利用する場合は、住宅ローン減税が適用され併用できません。

5.2. 住宅ローン控除(減税)

住宅ローン控除は、住宅ローンを利用して住宅を購入またはリフォームした場合に受けられる減税制度です。

長期優良住宅(新築)の場合、年末時点のローン残高の0.7%(最大控除額409.5万円)が、13年間所得税から控除されます(所得税だけでは控除しきれない場合、翌年の住民税からも一部控除)。

借入限度額は4,500万円ですが、子育て世帯や若者世帯であれば、借入限度額は5,000万円(最大控除額455万円)に拡大されます。

対象
2024年1月1日～2025年12月31日までに入居した者
適用条件
● 自ら所有し、主たる居住用として使用する住宅であること ● 住宅の引渡しまたは工事完了から6ヵ月以内に入居すること ● 床面積が50平方メートル以上であること ● 店舗等との併用住宅の場合、住居部分が全体の2分の1以上を占めること ● 住宅ローンの返済期間が10年以上であること ● 申請者の年間所得が2,000万円以下であること
確定申告に必要な書類
● 計算明細書 ● 年末残高証明書 ● 登記事項証明書 ● 請負契約書または売買契約書の写し ● 以下で必要となる書類 ・長期優良住宅認定通知書の写し ・住宅用家屋証明書または認定長期優良住宅建築証明書 ・増改築等工事証明書 ・承認通知書の写し

参考：国土交通省「住宅ローン減税」
国土交通省「認定長期優良住宅に対する税の特例 （所得税、登録免許税、不動産取得税、固定資産税)」

また、長期優良住宅のリフォームをおこなう場合は、年末のローン残高の0.7%が10年間控除されます。借入限度額は3,000万円です。

5.3. 登録免許税

土地や建物の所有権を法務局に登録する際に課される税金です。

長期優良住宅に認定された新築・未入居の住宅では、法務局での所有権保存登記に係る税率が一般住宅特例よりもさらに引き下げられ、税負担が軽減されます。

対象
2027年3月31日までに新築住宅を取得した者
適用条件
● 主たる居住用として使用する住宅であること ● 住宅の新築または取得から1年以内に登記をおこなうこと ● 床面積が50平方メートル以上であること
確定申告に必要な書類
● 市区町村が発行する住宅用家屋証明書

参考：国土交通省「認定長期優良住宅に対する税の特例 （所得税、登録免許税、不動産取得税、固定資産税)」

なお、長期優良住宅の登録免許税は、新築住宅の場合は所有権保存登記、中古住宅の場合は所有権移転登記と税率が異なります。

	本則	長期優良住宅	一般住宅特例
新築(保存登記)	0.4％	0.1%	0.15%
中古(移転登記)	2.0％	戸建て0.2％ マンション0.1％	0.3%

5.4. 不動産取得税

不動産取得税は、土地や建物を新築、売買、贈与によって取得した際に1回限り課される地方税です。相続や遺贈による不動産の取得は課税対象外となります。

長期優良住宅として認定された新築住宅の不動産取得税では、課税標準から控除される金額が通常の住宅より優遇され、一般住宅の1,200万円から1,300万円へと100万円増額されます。

対象
2026年3月31日までに新築された住宅
適用条件
● 都道府県の条例にしたがって申告をおこなうこと ● 住宅の床面積が50平方メートル以上、240平方メートル以下であること

参考：国土交通省「認定長期優良住宅に対する税の特例 （所得税、登録免許税、不動産取得税、固定資産税)」

不動産取得税は各都道府県の条例に基づいて算定され、納税者は居住する都道府県の税事務所に納付する必要があります。

5.5. 固定資産税

固定資産税は、土地や家屋などの不動産を所有している方に課せられる地方税です。毎年、所有する固定資産の価値に応じて税額が算定されます。

長期優良住宅として認定された新築住宅は、固定資産税の減額措置の適用期間が一般住宅よりも延長され、長期にわたって税負担が軽減されます。

	長期優良住宅	一般住宅特例
戸建て	5年間 1/2	3年間 1/2
マンション	7年間 1/2	5年間 1/2

対象
2026年3月31日までに新築された住宅
適用条件
● 都道府県の条例にしたがって申告をおこなうこと ● 住宅の床面積が50平方メートル以上、240平方メートル以下であること
適用条件
● 住宅の床面積が50平方メートル以上、280平方メートル以下であること
適用に必要な書類
● 長期優良住宅認定通知書またはその写し

参考：国土交通省「認定長期優良住宅に対する税の特例 （所得税、登録免許税、不動産取得税、固定資産税)」

長期優良住宅として認定された住宅は、固定資産税の減額期間が通常よりも延長されます。ただし、減額される期間は戸建て住宅とマンションで異なり、住宅の形態によって適用期間が設定されています。

6. 長期優良住宅を建てるときのポイント

• 建築後の維持管理が可能か検討する
• 信頼できる業者に依頼する
• 確定申告時に税金の控除申請を必ずおこなう
• 認定取得にかかる費用を確認する

家づくりを成功させるために、4つのポイントを押さえましょう。

6.1. 建築後の維持管理が可能か検討する

長期優良住宅は、認定された維持保全計画にしたがって定期的な点検とメンテナンス実施の必要があります。10年ごとに30年以上の点検が法律で義務付けられており、点検記録の作成と保存も必要です。

専門知識が必要なため、一般的には業者への依頼が推奨されます。点検を怠ると認定取り消しや補助金の返還を求められることがあります。虚偽報告には罰則もあるため、申請前に維持保全計画が実現できるかを十分検討することが重要です。

6.2. 信頼できる業者に依頼する

長期優良住宅の建築を成功させるためには、信頼できる実績のある業者選びが重要です。

設計図書の作成から認定申請手続き、高品質な施工、そして建築後の点検・メンテナンスまで一貫してサポートできる経験豊富な業者を選ぶことが、快適な暮らしを長期にわたって実現する鍵となります。

6.3. 確定申告時に税金の控除申請を必ずおこなう

住宅ローン控除や認定住宅新築等特別税額控除の適用を受けるためには、確定申告の際に必要書類を添えて税務署に控除申請をおこないます。

申告を忘れると税制上の優遇措置を受けられないため、必ず期限内に手続きを完了させることが大切です。

6.4. 認定取得にかかる費用を確認する

長期優良住宅の認定取得には、設計図書の作成や申請手数料などの費用が必要となります。

注文住宅を建てる際は、通常の建築費用に加えてこれらの認定取得費用がかかることを理解し、事前に業者から詳細な見積もりを取得して予算計画を立てましょう。

7. 認定手続きの流れ

長期優良住宅の認定を受けるには、建築主または分譲事業者が申請者となり、工事の着工前に所管行政庁へ認定申請をおこなう必要があります。認定手続きを適切に進めることが、制度活用の第一歩です。

認定手続きの流れは下記のとおりです。

• 登録住宅性能評価機関で技術的審査を受ける
• 審査後、登録住宅性能評価機関から確認書等が交付される
• 所管行政庁で適合審査を受ける
• 審査完了後、所管行政庁から認定通知書が交付される

登録住宅性能評価機関での審査には、確認申請書または設計住宅性能評価申請書に加え、設計内容説明書や各種図面、計算書などの添付図書を提出する必要があります。

8. 長期優良住宅で優遇措置や補助金を受けよう

長期優良住宅は、耐久性や省エネ性に優れた質の高い住宅です。所管行政庁の認定を受けることで税制優遇や各種給付金の受け取り対象となります。

建築後は維持保全計画に基づく定期的な点検が必要で、実績ある業者選びが重要です。また認定取得には追加費用が発生するため、事前の費用確認や税制優遇措置の申請手続きなど、検討しなくてはなりません。

一建設の注文住宅は、国が定めた基準を満たした高耐久・高品質の住宅でアフターサービスも充実しています。オプションとはなりますが、長期優良住宅の認定申請も可能ですので、お気軽にご相談ください。

>>一建設の注文住宅「はじめのまじめな注文住宅」

>>長期優良住宅についてはこちら

長期優良住宅を詳しくご紹介する動画もぜひご覧ください

「長期優良住宅」を購入した方が受けられる経済的メリットなどを紹介した動画はこちらです。

長期優良住宅の建築をお考えの方は、豊富な経験を持つ「一建設」までお気軽にご相談ください。

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